Вторая мировая война принесла больше урона чем эпидемия чумы или ее первая предшественница. Многие люди потеряли дом, кров и родных, а многие города - своих исторических памятников.
Великий Новгород лишился практически всех исторических построек.
Уже в июле 1941 года фашисты начали сбрасывать на город бомбы. Работники музеев стали экстренно вывозить ценные экспонаты, но удалось спасти только 20% от всей коллекции.
15 августа 1941 года немецкие войска вошли в Новгород, но солдаты Красной армии держали оборону. В итоге на этой территории на 2 года шло противостояние фашистов и советских солдат. По рассказам очевидцев событий того времени стало ясно, что немцы уничтожали город по плану. Точно не понятно, кто издал такой приказ, но системное разрушение исторических памятников доказало это. Более того, разрушенные дома, постройки и исторические памятники они разбирали на материалы, с помощью которых строили баррикады. Немецкий военнопленный Шмидт Пауль писал: «Строительный материал подвозился на автомашинах из Новгорода, для чего специально подрывались амоналом городские здания и сооружения».
В это же время они уничтожали памятники древнерусской культуры – соборы и храмы, которые были построены еще в XI-XII веках. От рук мародеров сильно пострадал Георгиевский собор, построенный в начале XII века. Они взорвали стены, тем самым уничтожив ценные и уникальные фрески. Знаменитый Софийский собор, также не устоял против фашистов, хотя он пережил монгольское нашествие. Он был построен в XI веке и являлся памятником древнерусского зодчества, а иконы и фрески, располагавшиеся там были бесценными. Сам собор был достоянием не только России, но и всего мира. Жестокость и цинизм гитлеровской армии не знал границ. Один из очевидцев писал: «13 мая 1943 года я проходил через Кремль и видел, как немецкие солдаты снимали с купола церкви позолоченные листы. На земле валялись листы размером не менее одного квадратного метра и толщиной 2—3 миллиметра. Сам генерал-майор Вильке стоял у подножья собора и наблюдал эту картину. Шофер генерал-майора Вильке рассказывал мне, что Вильке приказал казначею батальона Штинцгофу изготовить для него из золоченых листов блюда, бокалы и чайный сервиз». Благодаря его словам мы можем понять, насколько безжалостны и аморальны были эти люди.
Во время отступления из Новгорода, немецкая армия сожгла множество домов, более того они забирали всё, что им попадалось под руку. Эти преступления хорошо показаны на мультимедийной экспозиции «Подвиг народа» на Поклонной горе. Там представлены интерактивные диорамы памятных событий и битв Великой Отечественной войны, которые раскрывают подвиг народа в тылу. Более того, здесь есть выставка, посвященная Великому Новгороду.
В 1944 году была создана особая комиссия, которая оценивала урон, нанесенный Новгороду. В ее состав входили депутат Верховного Совета РСФСР К.Д. Белокуров, М.В. Юдина, представитель митрополита Ленинграда и Новгорода протоиерей Н.И. Ломакин, заведующий отделом Древнерусского искусства Государственного музея Ю.Н. Дмитриева и другие. Они установили факт разрушения города и уничтожение мировых памятников истории и культуры России.