С началом войны в Средней Азии в эвакуации оказалось большое количество театров, творческих коллективов, отдельных представителей культуры и искусства.
В 1942 году был достроен и дал первое представление театр оперы и балета. Он и поныне остается одним из красивейших зданий столицы Таджикистана, так же, как и другие объекты, возведенные по проектам ленинградских архитекторов, творивших в те годы рядом с таджикистанскими коллегами.
Вместе со всем советским народом встали на защиту Отечества и трудящиеся Таджикистана. В городах, районных центрах, кишлаках проходили митинги, участники которых заявляли о своей готовности взять в руки оружие.Митинги превращались в мощную демонстрацию сплочённости советского народа. Вечером 22 июня в Сталинабаде состоялся 15-тысячный общегородской митинг, на котором с осуждением вероломного нападения фашистов выступили представители рабочего класса, интеллигенции и колхозного крестьянства. Известный поэт Абулкасым Лохути на митинге заявил: «Работники искусства и культуры - писатели, поэты, журналисты, артисты - вся интеллигенция Таджикистана считает себя мобилизованной для уничтожения врагов социалистической Родины. Не жалея своей жизни, будем бороться за человечество, бороться и побеждать». В единодушно принятой резолюции участники митинга записали: «Мы все, как один, считаем себя мобилизованными на защиту нашей социалистической Родины от фашистских разбойников». С патриотическим призывом - мобилизовать все силы на разгром врага - обратились участники митингов в г. Ленинабаде, Кулябе, Курган-Тюбе, Хороге, Канибадаме, Ура-Тюбе, районных центрах Рушан, Сангвор, Хаите, Джиргатале, Шурабаде, Ховалинге, Регаре, Файзабаде и других населённых пунктах республики. Всего в Таджикистане в первые недели войны было проведено более тысячи митингов, на которых присутствовали сотни тысяч человек.
Как клятва Родине, как набат, звавший народ на битву с врагом, зазвучала в первые дни Великой Отечественной войны потрясающая по своей силе и суровой красоте песня «Свящённая война», созданная композитором Александром Александровым в содружестве с поэтом Василием Лебедевым-Кумачом:
Вставай страна огромная,
Вставай на смертный бой.С фашистской силой тёмною,
С проклятою ордой……
Эта песня стала гимном советского народа в годы суровых военных испытаний. Большой популярностью пользовались среди трудящихся Таджикистана стихи Абулкасыма Лохути: «Вперёд, к оружию, друзья!», «Любимая, настало время, я в смертный бой иду!». Мысли и чувства людей были выражены в стихах военной поры: Садриддин Айни «Марш мести», Мирзо Турсун-Заде «До свидания, дорогая мать», Абдусалом Дехоти «Вставай!».Свящённая война! Десятки тысяч посланцев Таджикистана были направлены в ряды действующей Армии. С начала войны все 6 областных и 67 городских, районных военкоматов Таджикской ССР развернули работу по призыву военнообязанных в ряды Красной Армии по их отправке в воинские части. По состоянию на октябрь 1943 года, по данным архива Института политических исследований ЦК Компартии Таджикистана, из республики было призвано в ряды Красной Армии 175 648 человек всех возрастов, а за годы войны ушло на фронт 289 тысяч человек.
В 1939 году 15 летняя Ханифа поступает в Ленинабадский(ныне Ходженстский) музыкально-драматический театр им.А.С.Пушкина. Там она проработала по 1943 г., как ведущая солистка театра. В театре она исполняла такие главные роли, как: Гульсары - в одноимённой пьесе К.Яшена; << Лейли и Меджнун>>-в ролях: Джамили и Лейли К.Яшена; Гульнор в пьесе С.Айни <<Дохунда>> и др.
В апреле 1941 года, в 17 лет, Ханифа становится матерью: у неё рождается первый сын Ином, а в июне того же года она заканчивает с отличием Ленинабадское педагогическое училище, получив диплом педагога.
1941-43 неимоверно трудные и страшные для всей Советской страны годы…
Несмотря на бедность и трудности, Ханифа отдавала весь свой театральный заработок на лечение раненых фронтовиков, а также в фонд поддержки добычи стратегического сырья, производства различных видов боевой техники, вооружения и боеприпасов, пела в госпиталях г. Ленинабада, куда привозили раненных с фронта, и на призывных пунктах.
41-й год. В эти грозные годы большая группа творческих работников Таджикистана принимает непосредственное участие в 2-х объединённых концертных бригадах Фронтового театра по обслуживанию частей Советской Армии. В это же время была сформирована и отправлена ещё одна концертная бригада из числа ведущих солистов театров в столицу Ирана-Тегеран по обслуживанию находящихся там советских воинов.Артисты Ленинабадского музыкального театра активно включились в трудную, благородную работу по обслуживанию концертами воинских частей и госпиталей. По её просьбе Х.Мавлянова была включена в состав бригады, которая непосредственно обслуживала раненных бойцов. «В 1943 году, - вспоминает она, -я с большой радостью и тревогой узнала, что приглашена солисткой в оперный театр им.С.Айни, ведь у меня тогда так мало было ещё опыта и мастерства... И всё-таки я приняла приглашение и стала солисткой молодого столичного театра. На всю жизнь сохранила я чувство большой благодарности и принадлежности квалифицированному музыканту, замечательному человеку, Валентину Ивановичу Чернову. В те годы он был главным дирижёром театра. Под его руководством я разучила, а затем неоднократно пела партию Татьяны в опере «Евгений Онегин» и партию Лизы в опере «Пиковая дама »П.И.Чайковского,который стал для меня с этого времени одним из любимейших композиторов.
В 1943 г. за заслуги в развитии советского театрального искусства Президиум Верховного Совета Тадж ССР удостоил её звания Заслуженной артистки республики.
В 1943 году Мавлянову срочно переводят на работу в город Сталинабад ( ныне г. Душанбе) - в театр оперы и балета им. С Айни. В это время ей 20 лет.
Позже Ханифа Мавлянова об этом времени в своих мемуарах напишет так:«Чувство большой ответственности перед Родиной и желания всеми силами помочь родному народу в его великой битве за свободу и счастье простых людей всего мира вдохновляло меня на создание героико-патриотических образов в дни Великой Отечественной Войны.»
В 1943 же году состоялась первая встреча Х. Мавляновой с композитором З. Шахиди. Познакомил её с композитором отец Ханифы, Мухиддин Мавлянов - искусный дутарист и непревзойденный мастер таджикского классического музыкального лада «Шаш-маком». Отсюда же берет начало творческий союз Х. Мавляновой с З. Шахиди и со многими выдающимися литераторами и деятелями искусства.
В 1943 году, в Сталинабаде формировались: фронтовые агитбригады, «фронтовой театр» Таджикской ССР, которые выезжали на фронт с концертами для поднятия боевого духа солдат и завоевавшие большую любовь у советских воинов разных национальностей и народностей нашей многострадальной страны. Эти агитбригады ездили по Уралу, Сибири, побывали во многих местах, где шли ожесточённые бои. Мужчин с заводов забирали на фронт и вместо них для работы на предприятиях командировали женщин - таджичек и узбечек. Мавлянова Х. помнит, о длительных поездках по городам и сёлам, по заводам и фабрикам Урала , в частности, побывала на Уралмаше , а также во многих госпиталях, где пела в составе концертной бригады. Можно сказать, что в годы Великой Отечественной войны песня стала своеобразным оружием Ханифы.
В годы Великой Отечественной войны с немецко-фашистскими захватчиками Мастер – Устод З.Шахиди, таджикский композитор в 1943-ем словно лавиной, откликнулся, написав большое количество, целый цикл патриотических песен: «К партии» («Ба партия») на слова Б.Рахим – Заде, «Отвага народа» («Халки далер») на сл. М. Турсун –Заде, «Я жду» (Дар интизорам) А. Дехоти, «Клятва» (Савганд) Б. Рахим-Заде, «Отдаю сердце» - «Преданный сердцем » (Дил дода шудам), «Родина» (Ватан-ватан) А.Лохути,
«От мая к маю» (Май ба май) М.Рахими, «Любимая Родина» (Мехри ватан) А.Лохути и очень много других популярных, часто исполняемых песен. Х. Мавлянова была первой исполнительницей этих легендарно-исторических песен.
О фронтовой концертной деятельности Х.Мавляновой в этот период свидетельствуют сообщения в газете «Ленинабадская правда», а также второй том «Истории таджикской музыкальной культуры »в 2-х томах ( книга была выпущена в 70-е годы).
В своих заметках она написала так : «В годы Великой Отечественнной Войны начиналась и впоследствии продолжалась моя дружба и творческое общение с великими представителями литературы и искусства моего родного Таджикистана: С.Айни,А.Лохути,З.Шахиди, М .Турсун-Заде, Мирсаид Миршакар, Б.Рахим-Заде,
М. Амин-Заде, Ф. Ниязи и многими другими».