В начале осени 1991 года адмирал Касатонов стал командующим Черноморским флотом. И всего за месяц до этого флот оказался не советским, а украинским. Чтобы встать на службу нового государства, командующему и почти сотне тысяч офицеров и матросов нужно было принять присягу. Но Игорь Касатонов отказался, объявив флот российским.
Отношения у Касатонова с Леонидом Кравчуком не сложились ещё до президентства последнего. По мнению адмирала, из-за кардинально разных взглядов на жизнь и судьбу стран. Но Кравчук надеялся, что адмирал не будет настаивать на своём и использовал методы запугивания и шантажа адмирала, а также его подчинённых.
Москва отмалчивалась и отказывалась от встречи с Касатоновым, но потом Ельцин всё же прибыл, и адмиралу долгими уговорами удалось убедить президента, что Черноморский флот нужно не просто сохранить, но и оставить в России. Ельцин в итоге согласился с доводами и начал политическую борьбу с Кравчуком за место на Чёрном море. Делили флот уже без Касатонова, потому что его назначили первым заместителем главнокомандующего ВМФ России.
Сегодня Игорь Касатонов сохраняет высокий пост в Минобороны РФ, а его сыновья Александр и Кирилл служат на флоте.