В декабре 2009 года на территории Петропавловской крепости было обнаружено массовое захоронение, предположительно, это останки жертв так называемого "красного террора".
Так как обнаруженные в могильнике останки могут принадлежать четырем великим князям - Павлу Александровичу, Николаю Михайловичу, Георгию Михайловичу и Дмитрию Константиновичу - вице-губернатор Василий Кичеджи предложил провести экспертное исследование останков. Комитет по культуре должен выработать рекомендации по привлечению к генетической экспертизе родственников дома Романовых.
Специалисты относят захоронение к периоду 1917 – начала 1920-х годов. Предположительно, это останки жертв так называемого «красного террора»: на территории Петропавловской крепости чрезвычайная комиссия по борьбе с контрреволюцией производила расстрелы. На данный момент на Заячьем острове были обнаружены и извлечены останки 106 человек. При этом обследованы 1 тыс. кв.м, подлежит обследованию еще 1 тыс. 700 кв.м., где также могут быть найдены останки жертв репрессий.
Проводить расследование по факту обнаружения тел не будут: Следственный комитет официально отказал в возбуждении уголовного дела в связи с истечением срока давности.
В Петропавловской крепости сейчас идут реставрационные работы на территории Меншикова бастиона, проводятся они при помощи бульдозеров. В одном из перерытых углов бастиона белеют кости. Многие из них похожи на человеческие.
Ранее неравнодушные петербуржцы пожаловались на в буквальном смысле варварское отношение к культурному наследию – фактическому месту основания Петербурга Петропавловской крепости. Каждую ночь на крыше Меншикова бастиона ведутся в буквальном смысле карьерные работы - многотонные самосвалы и экскаватор выгребают и вывозят в неизвестном направлении весь культурный трехсотлетний слой, разрушая при этом архитектурные конструкции XVIII, IX и XX веков и повреждая историческую кирпичную кладку.
Археологи считают, что земляная насыпь, которую выкапывают и выбрасывают будьдозерами - часть архитектурного сооружения.