Приказом Председателя Следственного комитета Российской Федерации Александра Бастрыкина структура военных следственных органов, входящих в состав комитета, приведена в соответствие с новым военно-административным делением Российской Федерации, установленным Указом Президента Российской Федерации с 1 декабря 2010 года.
В частности на базе шести военных следственных управлений по военным округам создано четыре военных следственных управления - по Западному, Южному, Центральному и Восточному военным округам.
Военное следственное управление Следственного комитета Российской Федерации (далее – СК России) по Западному военному округу с местом дислокации в городе Санкт-Петербурге сформировано на базе двух военных следственных управлений Следственного комитета при прокуратуре Российской Федерации: по Ленинградскому и Московскому военным округам.
Военное следственное управление по Сибирскому военному округу организационно вошло в состав двух созданных военных следственных управлений СК России: по Центральному и Восточному военным округам. Помимо этого управления в состав военного следственного управления СК России по Центральному военному округу с местом дислокации в городе Екатеринбург вошло военное следственное управление по Приволжско-Уральскому военному округу, а в состав военного следственного управления СК России по Восточному военному округу с местом дислокации в городе Хабаровске – военное следственное управление по Дальневосточному военному округу.
Военное следственное управление СК России по Южному военному округу с местом дислокации в городе Ростове-на-Дону создано на базе военного следственного управления по Северо-Кавказскому военному округу и Объединенной группировке войск (сил) по проведению контртеррористических операций на территории Северо-Кавказского региона Российской Федерации.
Помимо четырех вышеуказанных военных следственных управлений в систему военных следственных органов СК России окружного звена также входят военные следственные управления по трем флотам (Северному, Тихоокеанскому и Балтийскому), Ракетным войскам стратегического назначения и по г. Москве.
Все проводимые организационно-штатные мероприятия проходят с соблюдением требований уголовно-процессуального законодательства и прав участников уголовного судопроизводства.