Как рассказал в интервью «Аргументам неделi» бывший секретарь Межрелигиозного совета России Роман Силантьев, такое решение объясняется двумя группами причин.
Первая заключается в том, что «политические события не должны влиять на систему межцерковных договоренностей. Если РФ вступает в конфликт с какой-то из стран, из этого не следует, что РПЦ должна портить с ними отношения. Есть, например, Польская православная церковь или Американская православная церковь - отношения с ними не ухудшаются и не должны ухудшаться из-за политических проблем. Межцерковная дипломатия отлична от межгосударственной, причем отлична в лучшую сторону. РПЦ признала Грузинскую церковь в границах Грузинской ССР и теперь не может так легко от этого отказаться». Кроме того, грузинские власти пытаются сделать Грузинскую церковь заложницей политической целесообразности, и она от этого отбивается, поэтому РПЦ не должна в этом смысле помогать Саакашвили. Также Грузинская церковь поддерживает РПЦ в борьбе против православных раскольников в Эстонии (в основном состоящих из православных эстонских националистов) и Украине (из украинских националистов), к которым дружественно настроен Константинопольский патриархат.
Вторая группа причин заключается в том, что РПЦ не хотела бы «легализовывать» тех не слишком лояльных ей священников, которых немало в Ю. Осетии и Абхазии. Так, власти Ю. Осетии еще в 1990-е годы официально признали Аланскую епархию во главе с Георгием (Пухатэ). Однако он, старостильник, был в Русской православной зарубежной церкви, потом ушел и из нее, получил «сан епископа» у греческих старостильников. Их не признает ни одна официальная православная церковь в мире. Других же признаваемых РПЦ приходов в Ю. Осетии не существует.
В Абхазии, напротив, существует чуть ли не три конкурирующих «церковных организации». Одна из них группируется вокруг секретаря Сухумо-абхазской епархии Виссариона (Аплиа), получившего сан в Грузинской церкви и канонически в ней остающегося, хотя и провозгласившего независимость от нее. Два его конкурента - иеромонахи Дорофей (Дбар) и Андрей (Ампар) - оба из Новоафонского монастыря, формально - заштатные клирики Майкопской епархии РПЦ. Но реально ей не подчиняются. Кроме того, во всех трех группах есть заштатные и даже запрещенные Русской или Грузинской церквями священники.