Азербайджан выразил официальный протест против вступления Армении в Таможенный союз, о чем в сентябре 2013 года договорились президенты Владимир Путин и Серж Саргсян. Баку считает, что делать этого нельзя до разрешения нагорно-карабахского конфликта.
Заведующий отделом по общественно-политическим вопросам администрации президента Азербайджана Али Гасанов заявил, что Армения имеет право вступить в Таможенный союз или любую другую структуру только после того, как освободит оккупированные территории.
Армения и Азербайджан конфликтуют из-за Нагорного Карабаха с 1988 года, когда Нагорно-Карабахская область заявила о своем намерении выйти из состава Азербайджанской ССР. Впоследствии область объявила себя республикой, ее поддержала Армения.