Владимир Путин освободил от должности полномочного представителя президента в Северо-Западном федеральном округе. Место Николая Винниченко занял Владимир Булавин, ранее занимавший пост первого заместителя секретаря Совета безопасности.
Генеральный прокурор России Юрий Чайка отправил письмо спикеру Совета Федерации Валентине Матвиенко с просьбой назначить Винниченко на должность заместителя генпрокурора.
Николай Винниченко был однокурсником Дмитрия Медведева. С 1992 по 1995 год работал начальником отдела горпрокуратуры по надзору за исполнением законов о федеральной безопасности. С 1995 по 1997 год – прокурор Московского района Санкт-Петербурга. С 1998 по 2001 год, занимая пост заместителя прокурора Петербурга, инициировал «дело Шутова».
В апреле 2001 года Винниченко был назначен в аппарат полномочного представителя президента в Северо-Западном федеральном округе. В 2003 утвержден на пост прокурора Петербурга. В октябре 2004 года назначен главным судебным приставом России.
С декабря 2008 года являлся полпредом президента в Уральском федеральном округе. В сентябре 2011 года был назначен полпредом на Северо-Запад, сменив Илью Клебанова.