Президент России Дмитрий Медведев назначил Евгения Афанасьева на пост посла России в Японии.Медведев снял с этой должности Михаила Белого. Евгений Афанасьев возглавлял кадровый департамент министерства иностранных дел РФ.
Дипломат работал на различных должностях в центральном аппарате МИД СССР и РФ, а также в дипломатических представительствах за рубежом. В 1994-1997 годах занимал пост директора первого департамента Азии МИД РФ, с 1997 года по январь 2001 года - посла РФ в Республике Корея. С октября 2004 года был послом в Таиланде и по совместительству постоянным представителем РФ при экономической и социальной комиссии ООН для Азии и Тихого океана.