При задержании у Игнатенко были изъяты два паспорта - один паспорт литовский, второй - одной из стран Евросоюза.
В конце марта 2011 года Следственный комитет возбудил против Игнатенко уголовное дело, но через пару недель оно было закрыто Генпрокуратурой, еще через месяц Александр Игнатенко был уволен из органов прокуратуры "за нарушение присяги прокурора".
В мае 2011 года следователи вновь возбудили дело в отношении Игнатенко и еще нескольких прокуроров по ч. 4 статьи 290 УК РФ (получение взятки). В том же месяце он был объявлен в розыск. Следствие оценивало совокупный размер полученных экс-прокурорами взяток в 15 миллионов рублей.