30 (19) сентября армия Суворова начала движение в соответствии с планом, принятым на совете днем ранее. Первыми еще 18 сентября начали действия австрийские союзники. Генерал Ауфенберг силами своей бригады пробился в долину Кленталь. На следующий день вслед за ним выступили авангард Багратиона и дивизия Швейковского.
У озера Кленталерзее бригада Ауфенберга была атакована двумя французскими батальонами под командованием Молитора. Преимущество в силе было на стороне французов. Австрийцы начали отступать, к ним на помощь подошел авангард Багратиона. Русские гренадеры ударили в штыки и опрокинули боевые порядки французов. Частью своих сил Багратион охватил французские фланги. Полубригада Молитора оказалась в критическом положении и начала отход, но, получив подкрепление из Глариса, республиканцы смогли занять выгодные оборонительные позиции на восточном берегу озера. Между противниками завязалась перестрелка, которая продолжалась до глубокой ночи. Тем временем к озеру подошли все основные силы армии и сам Александр Суворов. Русские войска расположились лагерем чуть выше озера Кленталерзее.
В Муттенской долине события разворачивались следующим образом: утром 19 сентября случилась небольшая стычка французского и русского боевого охранения, но дальше перестрелки дело не пошло. Около 2 часов дня снова были атакованы позиции русских. На этот раз французами командовал сам Массена, численность его войска достигала 8000 штыков. Республиканцы шли в колонных с барабанным боем, они сбили передовые пикеты русских, но по началу далеко вперед продвинуться не смоги, так как были встречены сильным ружейным огнем егерей, а затем атакованы на штыках гренадерами из состава русского авангарда. Французы усилили натиск. Русский авангард начал отходить. Артиллеристы авангарда замешкались, и одно орудие отстало от линии своих войск. Пушка была захвачена французами, а ее боевой расчет погиб, защищая свое орудие. Видя это, генерал Гебиндер громко крикнул своим солдатам: « Ребята, у нас отняли пушку! Вперед!»
Русские гренадеры с яростью бросились на французов в штыковую атаку и смяли передовые линии боевых порядков противника. Отбив свою пушку, они захватили французскую гаубицу. В этот момент в бой вступили Азовский, Новгородский и Апшеронский мушкетерские полки, под общей командой генерала Милорадовича.
Русская колонна с барабанным боем ударила французам во фронт, а спешенные казаки полков Поздеева и Курнакова заняли склоны справа и слева от боевых порядков французов и открыли губительный ружейный огонь по неприятелю. Французы начали отход. Русские теснили их в направлении Швица на протяжении более 4 верст. Натиск русских нарастал, казаки осмелели до того, что стали атаковать боевые порядки неприятеля холодным оружием, приводя последнего в полное замешательство. Наконец 4000 русских окончательно опрокинули 8000 французов. Но преследования не было, французов спасла ночь, с наступлением темноты бой прекратился.
Ночью в Муттенскую долину спустился русский арьергард, последним покинувший Альтдорф. Корпус Розенберга усилился тремя мушкетерскими и двумя казачьими полками, после чего его общая численность составила около 7000 штыков. К французам тоже пришло подкрепление, и их численность увеличилась до 15000 штыков.