В программно-целевом методе расходования средств бюджета Союзного государства есть свои недостатки. Об этом было заявлено на двадцать восьмом заседании постоянно действующего семинара при Парламентском Собрании Союза Белоруссии и России по вопросам строительства Союзного государства на тему «Совершенствование нормативно-правовой базы формирования и исполнения бюджета Союзного государства».
Там, в частности, говорилось, что данные недостатки лежат в основном в существующей ныне системе планирования, а если более конкретно- в низком уровне отвественности государственных заказчиков в достижении целей программы.
В связи с этим, было отмечено на семинаре, меры по повышению эффективности бюджетной политики посредством использхования программно-целевого метода должны быть направлены в первую очередь направлены и на совершенствование законодательной системы по разработке и реализации Программ.
При этом уже учтен вопрос изменения процедуры отбора программ Союзного государства, на сокращение сроков согласования программ, внедрения в бюджетный процесс механизма перспективного бюджетного планирования.